Các vấn đề xã hội được đề cập trong Tokyo Babylon rất nhiều và đa dạng. Một số đề cập đến những vấn đề vẫn còn mang tính thời sự như môi trường. Một số khác có vẻ lỗi thời so với bối cảnh ban đầu của những năm 1990, như đường dây điện thoại tiệc tùng giá cao. Trong tập thứ tư, sự pha trộn này được thể hiện rõ ràng khi đề cập đến các chủ đề về công lý và các tôn giáo mới nổi đang nổi lên khi Nhật Bản tiến gần đến cuối Thiên niên kỷ.
Câu chuyện bắt đầu với Subaru Sumeragi được trường giao bài tập vẽ tranh cho một ngôi đền. Khi ở đó, anh gặp một người phụ nữ đang cố thực hiện một lời nguyền liên quan đến một con chó đã chết. Subaru biết rằng người phụ nữ đó là một người mẹ có con gái bị sát hại, nhưng kẻ giết người không bị kết tội vì hắn bị tuyên bố là điên. Vì vậy, cô quyết định nguyền rủa hắn đến chết với lý do rằng cô cũng sẽ không bị buộc tội giết người nếu kế hoạch của cô thành công. Điều này dẫn đến một cuộc khủng hoảng đối với Subaru khi anh cố gắng ngăn chặn người phụ nữ thực hiện một lời nguyền có thể phản tác dụng khủng khiếp, điều này chỉ trở nên phức tạp hơn khi một buổi cầu hồn mà anh cố gắng tổ chức với đứa con gái đã chết không diễn ra theo cách anh mong đợi.
Sau đó, Subaru được bà của mình gọi đến để tiến hành một cuộc điều tra về một tổ chức tôn giáo mới có tên là Viện MS, khác với các nhóm tôn giáo mới khác vì nó thu hút phần lớn đối tượng là thanh thiếu niên. Anh ấy làm như vậy bằng cách trở thành thành viên của nhóm và kết bạn với một cô gái tên là Kuniko Hashimoto, người đang bị bắt nạt ở trường. Các giáo viên ở trường của cô ấy bảo Kuniko trầm tính phải quyết đoán hơn. Viện bảo cô ấy cầu nguyện nhiều hơn. Cả hai đều không có tác dụng gì và tất cả kết thúc theo cách bi thảm, quá quen thuộc với những người quen thuộc với công việc của CLAMP. Nó cũng dẫn đến việc Subaru nổi giận và đối tác của anh ấy là Seishiro Sakurazuka phải tự mình giải quyết vấn đề.
Tập thứ tư này nêu ra một số câu hỏi, và không chỉ những câu hỏi mà CLAMP nêu ra vào thời điểm đó. Rõ ràng là có một số điều vẫn còn liên quan. Khi mở đầu tập, em gái sinh đôi của Subaru là Hokuto đang nói về giá đất, và giá đất không giảm ngay cả sau khi bong bóng kinh tế của Nhật Bản nổ tung. Người ta chỉ cần nghĩ về việc mọi người vẫn không đủ khả năng mua nhà ngày nay để thấy mọi thứ có thể không thay đổi nhiều như vậy.
Tuy nhiên, một số câu hỏi được đưa ra lại đề cập nhiều hơn đến cách Yen Press đã sản xuất bộ manga này. Tôi không hoàn toàn chắc chắn rằng xếp hạng “Tuổi teen” được đưa ra ở đây là chính xác, xét đến lượng bạo lực xảy ra trong cuốn sách này. Bạo lực không quá đẫm máu mặc dù trong chương mở đầu, lời nguyền liên quan đến một con chó chết yêu cầu con chó phải bị chặt đầu. Đối với Kuniko, cô ấy bị những kẻ bắt nạt làm bị thương nhiều lần trong suốt câu chuyện, từ việc bị chảy máu mũi sau khi ai đó ném một quả bóng rổ vào mặt cô ấy, cho đến một điều gì đó rất ghê rợn trong một lớp học nghệ thuật liên quan đến dao trộn màu. Những ai quen thuộc với Tokyo Babylon và phần tiếp theo X sẽ biết rằng bạo lực sẽ không dừng lại ở đó.
Chúng ta cũng chứng kiến nhiều sự phát triển tính cách hơn giữa ba nhân vật chính. Ví dụ, chúng ta biết được từ Hokuto rằng mặc dù công việc của anh là một onmyoji, từ khi còn nhỏ Subaru đã mơ ước trở thành người trông coi sở thú, khiến cô tuyên bố rằng đó là công việc hoàn hảo cho anh để gần gũi với bác sĩ thú y Seishiro. Chúng ta cũng chứng kiến nhiều hơn về mặt đen tối, giết người của Seishiro khi anh tự mình điều tra Viện MS, trong khi Hokuto nói với anh rằng nếu Seishiro làm Subaru khóc, cô sẽ giết anh.
